Para conseguir tales fines la Universidad Católica está organizada de la siguiente forma:

El gobierno de la Universidad está en manos: a) del Consejo Superior, en lo que respecta a la parte académica; b) del Consejo de Administración en su aspecto económico, y c) del Rector, que es órgano ejecutivo y representativo de la Universidad. El Rector es el representante del Episcopado Argentino, órgano supremo de la Universidad que ejerce su gobierno por medio de una Comisión de tres Obispos. El Emmo. Sr. Cardenal Arzobispo de Buenos Aires como Gran Canciller, es Presidente permanente de esa Comisión.

En su carácter de Pontificia, la Universidad Católica depende de la Santa Sede, quien ejerce su gobierno por medio del a) Gran Canciller, que es el Emmo. Sr. Arzobispo de Buenos Aires, y b) del Sr. Rector, nombrado por la Comisión Episcopal para la Universidad y confirmado por la Santa Sede.

El Consejo Superior está integrado por el señor Rector, los señores Vicerrectores, los señores Decanos, los señores Directores de Institutos de la Universidad y los representantes de las Facultades elegidos por el claustro de profesores.

Cada Facultad está gobernada por un Consejo de cuatro o seis miembros, elegidos por los Profesores titulares y adjuntos, y duran tres años en la función.